เนื้อเรื่องภาค 1
ทาคามาจิ นาโนฮะ เด็กป.3 ได้พบกับ ยูโน่ นักเวทจากโลกต่างมิติ ซึ่งกำลังตามเก็บจูเวลซี้ด แต่เสียท่าศัตรูจนสะบักสะบอม ทำให้ได้ค้นพบพลังเวทที่ยิ่งใหญ่ในตัวของนาโนฮะ และนาโนฮะก็เลือกที่จะใช้พลังเวทเพื่อปกป้องผู้คน ซึ่งเป็นภาระอันใหญ่ยิ่งเหลือเกินสำหรับเด็กป.3 แต่กระนั้นเธอก็ยังไม่ย่อท้อ และยังคงตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อช่วยยูโน่ต่อไป จนกระทั่งวันหนึ่ง เธอได้พบกับสาวน้อยจอมเวทอีกคนที่ชื่อ เฟท เทสทารอสซ่า ซึ่งตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อแม่ของเธอ ทำให้สาวน้อยทั้งสองต้องมาห้ำหั่นกัน ในที่สุดแม่ของเฟทก็เปิดเผยความจริงที่ทำให้เฟทต้องตะลึง คือจะใช้ตัวเฟทในการคืนชีพให้กับลูกสาวของเธออีกคน และขณะนั้นเอง ผู้ตรวจการแห่งห้วงมิติเวลา มิดชิลด้า ก็เข้ามาทำลายแผนของคุณแม่ของเฟท และจับตัวเฟทไปพิพากษา
______________________________________________________________
เนื้อเรื่องภาค 2
เวลาผ่านไปหลายเดือน ระหว่างที่เหตุการณ์สงบ ก็เกิดภยันตรายใหม่ขึ้น “หนังสือแห่งความมืด” ได้ตื่นขึ้นมา พร้อมกับการปรากฏตัวของสาวน้อยจอมเวทคนใหม่ ยางามิ ฮายาเตะ และเหล่าอัศวินเมฆาผู้พิทักษ์ทั้ง 4 คน ประกอบด้วย วีต้า ซิกนั่ม ชามัล และ ซาฟีร่า ซึ่งทั้ง 4 คนปรารถนาให้หนังสือแห่งความมืดดูดกลืนพลังเวทจนครบ 666 หน้า เพื่อให้ฮายาเตะหายจากอาการป่วยที่ร้ายแรง เมื่อหนังสือสมบูรณ์ ก็มีจอมเวทของหน่วยดูแลมิติ มาโจมตี โดยเล่นละครว่าฆ่าวีต้าและซาฟีร่า (เป็นสุนัขจิ้งจอก) ทำให้ฮายาเตะปลดปล่อยพลังที่แท้จริงของหนังสือแห่งความมืดออกมา สามารถใช้ท่าไม้ตายของนาโนฮะได้ และยังดูดร่างของเฟทไปด้วย
______________________________________________________________
เนื้อเรื่องภาค 3
6 ปีผ่านไป พันโทยางามิ ฮายาเตะ ได้ก่อตั้งหน่วยแผนกปฏิบัติการที่6 ขึ้นมาเพื่อรับมือกับเหตุการณ์ที่เกิดจาก ลอสโลเกียร์ปริศนา เรลิค โดยมี นาวาอากาศเอกทาคามาจิ นาโนฮะ มาเป็นครูฝึกประจำหน่วยเพื่อฝึกให้กับเด็กใหม่ได้แก่ ซึบารุ นาคาจิมา เด็กที่นาโนฮะช่วยเคยช่วยชีวิตไว้ เทียน่า แลตเตอร์คู่หูของซึบารุ คาโร รู ลูเชีย นักอัญเชิญมังกรและเอริโอ มอลเดียลเด็กในความดูแลของเฟท และอันตรายครั้งใหม่ได้เกิดจากฝีมือ เจล สกาลิเอ็ตตี้ อาชญากรต่างมิติ กับ 12 มนุษย์จักรกลสงคราม